Vanaf de oprichting hebben particuliere verzamelaars een belangrijke rol gespeeld in de geschiedenis van het museum. Aan twee van hen dankt het museum zijn naam. De Utrechtse jurist Frans Jacob Otto Boijmans liet in 1847 zijn kunstcollectie na aan de gemeente Rotterdam. Dat was het begin van het museum. In 1958 verwierf het museum de collectie van de havenbaron D.G. van Beuningen. Dat was zo’n mijlpaal dat de naam van het museum werd veranderd in Museum Boijmans Van Beuningen.
Er zijn nog veel meer particuliere verzamelaars aan wie het museum veel te danken heeft. Hun verschillend geaarde belangstelling legde de basis voor de verscheidenheid van de collectie. En dankzij hun gedrevenheid bezit het museum nu als enige in Nederland schilderijen van Van Eyck, Titiaan, Jeroen Bosch, Pieter Bruegel de Oude en Dalí.
In de tweede helft van de 20ste eeuw werden de eigen aankopen van het museum steeds talrijker, maar nog altijd profiteert het museum van de generositeit van verzamelaars. Zo verwierf het museum in 1981 dankzij het echtpaar Van Beuningen-de Vriese een omvangrijke verzameling pre-industriële gebruiksvoorwerpen en recenter, in 2009, met behulp van het H+F Mecenaat nog een prachtige permanente installatie van de videokunstenaar Pipilotti Rist, te zien in het entreegebied van het museum.
Frans Jacob Otto Boijmans was een hartstochtelijk verzamelaar van schilderijen, tekeningen, prenten en porselein. Kwantiteit telde voor hem soms meer dan kwaliteit. Toen de gemeente Rotterdam zijn collectie in 1847 had aanvaard, werd direct veel verkocht wegens gebrek aan kwaliteit. Bij de brand die het museum in 1864 trof, ging nog eens een groot deel van de verzameling verloren. Daarom zijn er nog maar 127 schilderijen over uit de oorspronkelijke verzamelingen van F.J.O. Boijmans. Het 'Zelfportret' van Carel Fabritius is daarvan één van de onbetwiste hoogtepunten.
De havenbaron Daniël George van Beuningen was één van de Rotterdamse notabelen op wie het museum in de jaren '20 en '30 van de 20ste eeuw vaak een beroep kon doen als het ging om financiële steun bij belangrijke aankopen. Ook voor zichzelf bracht Van Beuningen een grote collectie topstukken bijeen, waaronder Bruegels 'Toren van Babel' (circa 1563). Na zijn overlijden in 1955 boden zijn kinderen de verzameling aan het museum aan, op voorwaarde dat de gemeente Rotterdam de successierechten zou betalen. Zo kwam het museum in het bezit van 189 schilderijen, 30 sculpturen, 5 zilveren objecten, 17 tekeningen én het laatste gedeelte van zijn naam.